Mit der Schaffung der Helvetischen Republik 1798 wurden die bisher selbstständigen eidgenössischen Orte zu Verwaltungseinheiten nach französischem Vorbild herabgestuft. Die neue Republik stiess vor allem in den katholisch-konservativen Orten auf Widerstand, was in mehrere Auseinandersetzungen mündete.
Territoriale Veränderungen im Zeitalter Napoleons und des Wiener Kongresses
1803 wurde schliesslich unter der Führung Napoleons die Mediationsverfassung erarbeitet, welche die Kantone wieder weg vom Zentralstaat und hin zu einer föderalistischen Struktur lenkte. Zu den 13 Orten der Alten Eidgenossenschaft kamen die sechs Kantone Aargau, Thurgau, St. Gallen, Tessin, Waadt und Graubünden neu hinzu. Napoleons Niederlage führte 1815 zu einer Neuordnung Europas auf dem Wiener Kongress. Davon war auch die Schweiz betroffen, waren doch die europäischen Siegermächte an einem neutralen Pufferstaat interessiert. So beschloss der Kongress auch die innere Neuordnung der Schweiz. Die vormaligen zugewandten Orte Wallis, Genf und das bisher preussische Fürstentum Neuenburg wurden von Frankreich getrennt und der Schweiz angegliedert. Das Fürstbistum Basel wurde dem Kanton Bern zugesprochen, der damit für seine verlorenen Untertanengebiete (die neuen Kantone Waadt und Aargau) entschädigt wurde. Somit erhöhte sich die Anzahl der Kantone auf 22. Diese besassen in den folgenden Jahrzehnten wieder eine grosse politische und administrative Selbstständigkeit. So verfügten sie im losen Staatenbund beispielsweise wieder über die Münz-, Wehr- und Zollhoheit.
Entwicklung vom Staatenbund zum Bundesstaat
1831, im Zuge der revolutionären Unruhen in Frankreich, wurden in mehreren Kantonen liberale Verfassungen erlassen. Der Kanton Basel trennte sich aufgrund der Konflikte zwischen der Stadt und der Landschaft in zwei Kantonsteile. In den Folgejahren kam es in der Schweiz zu einer verstärkten Polarisierung zwischen den mehrheitlich städtisch-reformierten, liberalen und den mehrheitlich ländlich-katholischen, konservativen Kantonen. Letztere wehrten sich unter anderem gegen eine stärkere Einheit des Staatenbundes Schweiz und wollten einen Bundesstaat verhindern. Der Konflikt gipfelte im Sonderbundskrieg von 1847, der für die konservativen Kantone in einer Niederlage endete. Damit war der Weg für eine Neuorganisation der Schweiz als Bundesstaat geebnet.
